Biasanya, rute yang ditempuh oleh beberapa pengunjung atau wisatawan untuk sampai di lokasi tempat wisata di Papua ini yaitu dengan lakukan perjalanan udara, serta menuju ke kota Sorong – Papua Barat (Domine Edward Osok). Di bandara ini tak ada jalur penerbangan internasional yang dapat segera menuju ke Domine Edward Osok. Jadi, jika Anda yang datang dari luar negeri, Anda mesti transit dahulu di Jakarta, Surabaya, Denpasar atau Makasar. Serta jika Anda ingin meniti jalur terpendek, Anda dapat transit dahulu di Ujung Pandang serta menelan waktu sekitaran 5 jam 15 menit untuk sampai di kota Sorong.
Lalu dari kota Sorong, perjalanan dilanjutkan dengan memakai kendaraan taxi menuju ke palabuhan rakyat untuk menuju ke ibukota Raja Ampat (Waisai). Kemudian, perjalanan Anda juga akan dilanjutkan kembali dengan memakai transportasi Kapal Ferry atau dapat menyewa speed boat, serta dianjurkan di pelabuhan ini Anda mesti sediakan perbekalan seperti air mineral, makanan instan serta beda sebagainya. karna di Waisai (ibukota Raja Ampat), harga kepentingan perbekalan makin mahal. Di pelabuhan ini ada dua kapal ferry yang melayani jalur perjalanan dari Sorong ke Waisai, serta umumnya pergi setiap jam 14. 00 WIT, lalu kapal yang satunya juga akan pergi sekitaran 1 – 2 jam lalu.
Perjalanan juga akan menelan waktu 4 – 5 jam untuk sampai di pelabuhan Waisai. Walau demikian untuk Anda yang memiliki hasrat menyewa speedboat, waktu yang sangat baik untuk menyeberang yaitu sebelumnya air laut naik, yang umumnya di karena gelumbang gunakan atau sekitaran sebelumnya jam 12. 00 WIT. Hal semacam ini dikerjakan karna dikhawatirkan berlangsung hal – hal yg tidak dikehendaki, karna besar speedboat lebih kecil dari pada Kapal, hingga sangat gampang terguncang oleh ombak.
Lalu sebagai catatan untuk Anda yaitu taatilah instruksi dari Nahkoda kapal jika memberikan instruksi tunda perjalanan menuju ke pelabuhan Waisai karna cuaca jelek, gelombang gunakan atau problem lainnya. Memanglah agak rumit sekali rute perjalanan ke Raja Ampat. Walau demikian, kedepan pemerintah setempat juga akan meningkatkan bandar udara di Waisai (Bandar Udara Marinda), yang nanti dapat memudahkan akses ke Raja Ampat.
